磁选机的磁系设计核心工作是在选定空间产生满足工作需要的磁场必须进行磁路计算。传统的设计方法有:解析法、传统磁路计算法等，当代先进的设计方法有:应用现代设计理念的电磁场数值计算技术和仿真方法。
解析法适用于问题比较简单、边界条件也比较简单的情形。利用矢量磁位和标量磁位分别满足泊松方程或拉普拉斯方程，求解静磁场边值问题。方法有:镜相法、分离变量法、格林函数法等。由于现实电磁场问题的复杂性，该方法应用范围十分有限。
传统磁路计算法是早期人们进行磁路设计的有效的工具。该方法的核心是简化气隙磁导的计算，如:利用分析法计算气隙磁导时，假定极面上的磁感应强度均匀分布且无边缘磁通;利用分割磁场法计算气隙磁导时，将整个磁场沿磁通路径分割成许多个具有简单几何形状的磁通管;利用作图法或网格势位法计算气隙磁导时，假定永磁体磁极表面为等位面。由于以上方法均对气隙磁导的分布进行了简化处理，故采用以上方法时均需要设计者具有合理地选择磁通路径的经验。在得到气隙磁导后，应用等效磁路法进行磁路计算。等效磁路的解法有:逐段逼近法、回路磁通法和结点磁位法等。采用该法时主要的工作量是用在计算磁通和磁导上。对于导磁体为闭合的磁路计算，在磁路比较简单对称的情况下，人们已经总结了大量的经验公式，利用这些经验公式，基本上可以满足需要。
针对永磁磁选机的磁系设计工作通常的方法是:采用传统磁路设计法进行初步设计，然后利用多组缩比模型，采用试验的手段，逐步确定出磁选机各部分尺寸。为满足不同应用需要，磁路的结构差别很大。采用传统磁路设计方法和通过大量试验总结出经验公式进行修正己不能满足精确设计计算的需要。尤其在比较复杂的磁路中，要想总结出经验公式也往往无从着手。这样的方法另外一个弊端在于缩比模型实验往往耗费大量的研制费用，而且设计工作难以优化。
采用电子计算机应用电磁有限元算法，直接从求解电磁场入手可精确计算所设计磁系周围空间的磁场分布状况。并可迅速进行优化磁系的工作，大大提高设计的水平和缩短开发周期。
